Vijay S Pande: шукати на сайті Z-Library

Timothy D. Fenn, Michael J. Schnieders, Marat Mustyakimov, Chuanjie Wu, Paul Langan, Vijay S. Pande, Axel T. Brunger

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 781 KB

english, 2003

Reintroducing Electrostatics into Macromolecular Crystallographic Refinement: Application to Neutron Crystallography and DNA Hydration

Журнал:

Structure

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.01 MB

english, 2011

Mechanistic and structural insight into the functional dichotomy between IL-2 and IL-15

Ring, Aaron M, Lin, Jian-Xin, Feng, Dan, Mitra, Suman, Rickert, Mathias, Bowman, Gregory R, Pande, Vijay S, Li, Peng, Moraga, Ignacio, Spolski, Rosanne, Özkan, Engin, Leonard, Warren J, Garcia, K Chri

Журнал:

Nature Immunology

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.90 MB

english, 2012

Parallelized-over-parts computation of absolute binding free energy with docking and molecular dynamics

Jayachandran, Guha, Shirts, Michael R., Park, Sanghyun, Pande, Vijay S.

Журнал:

Shirts, Michael R., Bair, Eric, Hooker, Giles, Pande, Vijay S.

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 432 KB

english, 2006

Equilibrium Free Energies from Nonequilibrium Measurements Using Maximum-Likelihood Methods

Журнал:

Physical Review Letters

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 84 KB

english, 2003

Potential for Modulation of the Hydrophobic Effect Inside Chaperonins

England, Jeremy L., Pande, Vijay S.

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 286 KB

english, 2008

Thoroughly sampling sequence space: Large-scale protein design of structural ensembles

Stefan M. Larson, Jeremy L. England, John R. Desjarlais, Vijay S. Pande

Журнал:

Protein Science

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 251 KB

english, 2002

K-Means for Parallel Architectures Using All-Prefix-Sum Sorting and Updating Steps

Kohlhoff, Kai J., Pande, Vijay S., Altman, Russ B.

Журнал:

IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 924 KB

english, 2013

MSMBuilder2: Modeling Conformational Dynamics on the Picosecond to Millisecond Scale

Beauchamp, Kyle A., Bowman, Gregory R., Lane, Thomas J., Maibaum, Lutz, Haque, Imran S., Pande, Vijay S.

Журнал:

Fujitani, Hideaki, Tanida, Yoshiaki, Ito, Masakatsu, Jayachandran, Guha, Snow, Christopher D., Shirts, Michael R., Sorin, Eric J., Pande, Vijay S.

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.93 MB

english, 2011

Direct calculation of the binding free energies of FKBP ligands

Журнал:

Fried, Stephen D., Wang, Lee-Ping, Boxer, Steven G., Pande, Vijay S.

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 669 KB

english, 2005

Calculations of the Electric Field in Solutions and Proteins with Polarizable Force Fields

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 57 KB

english, 2014

Building Force Fields: An Automatic, Systematic, and Reproducible Approach

Wang, Lee-Ping, Martinez, Todd J., Pande, Vijay S.

Журнал:

The Journal of Physical Chemistry Letters

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.32 MB

english, 2014

[IEEE Distributed Processing (IPDPS) - Rome, Italy (2009.05.23-2009.05.29)] 2009 IEEE International Symposium on Parallel & Distributed Processing - Folding@home: Lessons from eight years of volunteer distributed computing

Beberg, Adam L., Ensign, Daniel L., Jayachandran, Guha, Khaliq, Siraj, Pande, Vijay S.

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 304 KB

english, 2009

Heteropolymer freezing and design: Towards physical models of protein folding

Pande, Vijay S., Grosberg, Alexander Yu., Tanaka, Toyoichi

Журнал:

Review of Modern Physics

Рік:

2000

Мова:

english

Файл:

PDF, 984 KB

english, 2000

Markov State Models Provide Insights into Dynamic Modulation of Protein Function

Shukla, Diwakar, Hernández, Carlos X., Weber, Jeffrey K., Pande, Vijay S.

Журнал:

Accounts of Chemical Research

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 5.54 MB

english, 2015

Modeling Molecular Kinetics with tICA and the Kernel Trick

Schwantes, Christian R., Pande, Vijay S.

Журнал:

England, Jeremy L., Park, Sanghyun, Pande, Vijay S.

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.64 MB

english, 2015

Theory for an order-driven disruption of the liquid state in water

Журнал:

Singh, Raman Jeet, Pande, Kamal Kumar, Sachan, Vijay Kumar, Singh, Naval Kishore, Sahu, Ram Prakash, Singh, Medni Pratap

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.10 MB

english, 2008

Productivity, Profitability and Energy Consumption of Potato Based Intercropping Systems

Журнал:

International Journal of Vegetable Science

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 8.77 MB

english, 2015

Progress and challenges in the automated construction of Markov state models for full protein systems

Bowman, Gregory R., Beauchamp, Kyle A., Boxer, George, Pande, Vijay S.

Журнал:

Bowman, Gregory R., Pande, Vijay S., Noé, Frank

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 4.62 MB

english, 2009

[Advances in Experimental Medicine and Biology] An Introduction to Markov State Models and Their Application to Long Timescale Molecular Simulation Volume 797 ||

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 7.22 MB

english, 2014

Endoscopic third ventriculostomy

Yadav, YadRam, Parihar, Vijay, Pande, Sonjjay, Namdev, Hemant, Agarwal, Moneet

Журнал:

Journal of Neurosciences in Rural Practice

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 715 KB

english, 2012

Non-Bulk-Like Solvent Behavior in the Ribosome Exit Tunnel

Lucent, Del, Snow, Christopher D., Aitken, Colin Echeverría, Pande, Vijay S., Pettitt, B. Montgomery

Журнал:

PLoS Computational Biology

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.19 MB

english, 2010

MDTraj: A Modern Open Library for the Analysis of Molecular Dynamics Trajectories

McGibbon, Robert T., Beauchamp, Kyle A., Harrigan, Matthew P., Klein, Christoph, Swails, Jason M., Hernández, Carlos X., Schwantes, Christian R., Wang, Lee-Ping, Lane, Thomas J., Pande, Vijay S.

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 526 KB

english, 2015

CHARMM-GUI Input Generator for NAMD, GROMACS, AMBER, OpenMM, and CHARMM/OpenMM Simulations Using the CHARMM36 Additive Force Field

Lee, Jumin, Cheng, Xi, Swails, Jason M., Yeom, Min Sun, Eastman, Peter K., Lemkul, Justin A., Wei, Shuai, Buckner, Joshua, Jeong, Jong Cheol, Qi, Yifei, Jo, Sunhwan, Pande, Vijay S., Case, David A., B

Журнал:

Klippenstein, Stephen J., Pande, Vijay S., Truhlar, Donald G.

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 834 KB

english, 2015

ChemInform Abstract: Chemical Kinetics and Mechanisms of Complex Systems: A Perspective on Recent Theoretical Advances

Журнал:

ChemInform

Рік:

2014

Файл:

PDF, 18 KB

2014

Ward Clustering Improves Cross-Validated Markov State Models of Protein Folding

Husic, Brooke E., Pande, Vijay S.

Журнал:

Chougule, Anuradha, Patil, Vijay M., Noronha, Vanita, Joshi, Amit, Turkkar, Siddharth, Chandrasekharan, Arun, Pande, Nikhil, Bagayatkar, Priyanka, Prabhash, Kumar

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 794 KB

english, 2017

Incidence and impact of Dihydropyrimidine dehydrogenase gene mutation on neoadjuvant chemotherapy in head and neck cancers

Журнал:

Oral Oncology

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 441 KB

english, 2017

MoleculeNet: A Benchmark for Molecular Machine Learning

Wu, Zhenqin, Ramsundar, Bharath, Feinberg, Evan N., Gomes, Joseph, Geniesse, Caleb, Pappu, Aneesh S, Leswing, Karl, Pande, Vijay S.

Журнал:

Chemical Science

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 16.11 MB

english, 2017

Millisecond dynamics of BTK reveal kinome-wide conformational plasticity within the apo kinase domain

Sultan, Mohammad M., Denny, Rajiah Aldrin, Unwalla, Ray, Lovering, Frank, Pande, Vijay S.

Журнал:

Scientific Reports

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.39 MB

english, 2017

Markov State Models: From an Art to a Science

Husic, Brooke E, Pande, Vijay S.

Журнал:

Journal of the American Chemical Society

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.13 MB

english, 2018

Persistent Topology and Metastable State in Conformational Dynamics

Chang, Huang-Wei, Bacallado, Sergio, Pande, Vijay S., Carlsson, Gunnar E., Paci, Emanuele

Журнал:

PLoS ONE

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.08 MB

english, 2013

Atomistic protein folding simulations on the submillisecond time scale using worldwide distributed computing

Vijay S. Pande, Ian Baker, Jarrod Chapman, Sidney P. Elmer, Siraj Khaliq, Stefan M. Larson, Young Min Rhee, Michael R. Shirts, Christopher D. Snow, Eric J. Sorin, Bojan Zagrovic

Журнал:

Biopolymers

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 744 KB

english, 2003

Solvent viscosity dependence of the folding rate of a small protein: Distributed computing study

Bojan Zagrovic, Vijay Pande

Журнал:

Eric J. Sorin, Vijay S. Pande

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 163 KB

english, 2003

Empirical force-field assessment: The interplay between backbone torsions and noncovalent term scaling

Журнал:

Sanghyun Park, Randall J. Radmer, Teri E. Klein, Vijay S. Pande

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 472 KB

english, 2005

A new set of molecular mechanics parameters for hydroxyproline and its use in molecular dynamics simulations of collagen-like peptides

Журнал:

Alex Robertson, Edgar Luttmann, Vijay S. Pande

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 163 KB

english, 2005

Effects of long-range electrostatic forces on simulated protein folding kinetics

Журнал:

Luca Monticelli, Eric J. Sorin, D. Peter Tieleman, Vijay S. Pande, Giorgio Colombo

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 686 KB

english, 2008

Molecular simulation of multistate peptide dynamics: A comparison between microsecond timescale sampling and multiple shorter trajectories

Журнал:

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.26 MB

english, 2008

Accelerating molecular dynamic simulation on the cell processor and Playstation 3

Edgar Luttmann, Daniel L. Ensign, Vishal Vaidyanathan, Mike Houston, Noam Rimon, Jeppe Øland, Guha Jayachandran, Mark Friedrichs, Vijay S. Pande

Журнал:

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 94 KB

english, 2009

Accelerating molecular dynamic simulation on graphics processing units

Mark S. Friedrichs, Peter Eastman, Vishal Vaidyanathan, Mike Houston, Scott Legrand, Adam L. Beberg, Daniel L. Ensign, Christopher M. Bruns, Vijay S. Pande

Журнал:

Imran S. Haque, Vijay S. Pande

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 624 KB

english, 2009

PAPER—Accelerating parallel evaluations of ROCS

Журнал:

Peter Eastman, Vijay S. Pande

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 801 KB

english, 2010

Efficient nonbonded interactions for molecular dynamics on a graphics processing unit

Журнал: